Alors qu'ils procèdent aux derniers tests du pont intergalactique entre Pégase et la Voie Lactée, les Terriens détectent un vaisseau ancien. Il s'avère que celui-ci abrite des Anciens encore en vie : toutefois, la joie de cette découverte est vite ternie par le fait qu'ils doivent abandonner Atlantis.
Les Asurans, une puissante race de créatures artificielles créées par les Anciens (et que l'équipe rencontrera dans Progeny), se sont emparés d'Atlantis. Les Asurans sont composés de milliards de nanites microscopiques, et les Terriens se rendent rapidement compte qu'ils sont composés de la même technologie que les Réplicateurs à forme humaine.
Pour combattre ce nouvel ennemi, l'équipe d'Atlantis contacte la seule personne capable de les aider : le Général Jack O'Neill, qui a souvent fait face aux Réplicateurs. Mais lorsque les Asurans s'emparent de la cité, O'Neill et Richard Woolsey sont également capturés.
Sheppard, Weir et McKay ainsi que le reste de l'équipe tentent de monter une opération de sauvetage. Notamment en reprogrammant Niam, un Asuran qui s'était lié d'amitié avec l'équipe lors de leur première rencontre. Bien évidemment, McKay se sent à la hauteur de cette tâche.
Après une attaque de l'équipe, la salle de contrôle est endommagée, et des Asurans essayent de tout remettre en état. Talus et Cetus, deux Asurans, se rendent à la cellule de O'Neill et Woolsey. Tout comme les Réplicateurs, les deux êtres plongent leurs mains dans la tête des Terriens pour obtenir des informations.
Apparemment, RDA sera présent dans trois épisodes de SGA qui seront à priori The Real World, The Return part 1 et The Return part 2. La seconde partie devrait être tournée la semaine prochaine.
Il semble donc que Progeny sera finalement inclus dans la première partie de saison, et The Return constituera le double épisode de mi-saison.